SMA 90 Jakarta berdiri sejak 1986 dengan sebutan SMA Pesanggrahan. Sebutan tersebut karena melihat lokasi pembangunan untuk SMA 90 berada dikecamatan Pesanggrahan Jakarta Selatan. Pada awal berdirinya SMA ini, kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di SMA 87 Bintaro pada sore hari. Satu tahun setelah berdirinya bersama dengan peresmian gedung baru yang berlokasi di kelurahan Petukangan Selatan, SMA Pesanggrahan dikukuhkan oleh Kanwil DIKBUD DKI Jakarta menjadi SMA Negeri 90 Jakarta. Disebabkan karena kekurangan ruangan belajar maka para siswa belajar dalam dua sif yaitu pagi dan siang.