SMA 90 Jakarta berdiri sejak 1986 dengan sebutan SMA Pesanggrahan. Sebutan tersebut karena melihat lokasi pembangunan untuk SMA 90 berada dikecamatan Pesanggrahan Jakarta Selatan. Pada awal berdirinya SMA ini, kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di SMA 87 Bintaro pada sore hari. Satu tahun setelah berdirinya bersama dengan peresmian gedung baru yang berlokasi di kelurahan Petukangan Selatan, SMA Pesanggrahan dikukuhkan oleh Kanwil DIKBUD DKI Jakarta menjadi SMA Negeri 90 Jakarta. Disebabkan karena kekurangan ruangan belajar maka para siswa belajar dalam dua sif yaitu pagi dan siang.

Pada tahun 1997 berkat swadaya dari orang tua siswa telah terbangun 6 ruangan belajar yang diresmikan oleh MENDIKBUD Bpk. Prof. Dr. Wardiman Djojonegoro sehingga para siswa dapat belajar pagi hari semua.

Berkat kerja keras Bpk/Ibu Guru, karyawan dan didukung penuh oleh Pengurus BP3, tahun 2002 SMA 90 Jakarta ditetapkan sebagai SMA PLUS PENDAMPING KODYA.

Selanjutnya, pada tahun 2004 berdasarkan Keputusan Dinas Pendidikan Menengah dan Tinggi Provinsi DKI Jakarta Nomor : 206a / 2004 SMA 90 Jakarta ditetapkan sebagai SMA PLUS TINGKAT PROVINSI.

Dua tahun berikutnya tahun 2006 berdasarkan Keputusan Dinas Pendidikan Menengah dan Tinggi Provinsi DKI Jakarta Nomor : 460 / 2006 SMA 90 Jakarta ditetapkan sebagai SMA PLUS STANDAR NASIONAL.

KEPALA-KEPALA SEKOLAH YANG PERNAH MEMIMPIN SMA 90 JAKARTA :